Một năm sau cái chết của Zeref và Acnologia, Natsu Dragneel cùng Lucy Heartfilia, Erza Scarlet, Gray Fullbuster, Wendy Marvell và Happy, Carla của hội Fairy Tail bắt tay vào tham gia Nhiệm Vụ 100 Năm, một nhiệm vụ ở lục địa phía bắc Guiltina đã có hơn một thế kỷ nhưng không ai hoàn thành được. Ở đó cả nhóm gặp được Elefseria, hội trưởng của hội Magia Dragon, là bang hội được thành lập đầu tiên trên thế giới. Ông cho biết nhiệm vụ của họ là phong ấn Ngũ Long Thần, một nhóm gồm 5 con rồng được cho là có sức mạnh ngang ngửa với Acnologia và đang muốn hủy diệt thế giới. Trong khi đó, Fairy Tail chiêu mộ thêm một thành viên mới nữa là Touka, người bị ám bởi một phù thủy với mục đích chiếm lấy sức mạnh của loài rồng cho mục đích riêng của mình.